手动识别所有检测离子的分子式需要相当长的时间。利用MS-DIAL程序和13C标记，诞生了一种化学信息学方法，可以利用测定的C数和LC-MS/MS结果明确分子式。在目前的数据库中没有找到的分子式通常不作进一步的分析。图3的研究案例表明这项研究分析了这些未匹配的代谢物的化学成分，并在12种植物中匹配上了1133种代谢物。异构体/类似物，即糖基化或羟基化的类似物，可以根据MS/MS的相似性、同源性和生物反应因子获得。这些类似物的鉴定可能有助于发现相应的生物合成基因，包括糖基转移酶、细胞色素P450单加氧酶或2-氧戊二酸依赖性双加氧酶。

发掘“完全未知的代谢物（CUMs）

代谢物的结构归属分为两组：1）代谢物常见于多个植物科中，2）代谢物特征存在于某一科植物中。此外，1395和773种代谢物特征被定性为未知；它们的碳数用正离子或负离子模式测定。利用MS/MS的相似性、同源性和生物反应分析未知代谢物。所有与1133种代谢物的关联代谢物都被计算了出来。大多数未知代谢物与结构确定的代谢物有关。有趣的是，190和77种代谢物特征分别在正离子和负离子模式下与其他代谢物无关联，这意味着它们来自CUMs；它们与已知的生物反应无关。

用于CUMs评分的计算方法的发展

鉴定特殊代谢物对于理解植物界特殊代谢物的进化至关重要。为了通过MS和NMR阐明CUMs的结构，需要使用色谱技术进行目标化合物分离。然而，由于没有已知的结构信息，因此很难决定哪些CUMs应该先初被分离。分离前必须知道哪种代谢物对植物的生物和化学特性影响先大。