从分析的功率以及柱效角度考虑，氢气被认为是最合适的载气，但约束载气选择的还有许多其他的因素，如检测器(当运用PDD检测器的时分，只能运用氦气；当运用TCD检测器的时分，最好的载气是氢气，由于其热传导功能最好，而在运用MSD检测器的时分，最好不要运用氮气作为载气，由于其灵敏度大大降低，约下降20倍左右)，安全危险，渗透性等。
氢气作为载气的最大约束来自其本身的安全性，当氢气在空气中的浓度在4%-70%的时分，比较容易发作爆炸事端，但也有部分实验室运用。根据仪器供应商的信息，在运用氢气作为载气的时分，能够把铜管更换为不锈钢管，氢气也能够作为MSD检测器的载气，但一般不能直接与库比较进行定性，特别是关于芳香族以及其他不饱和化合物而言。
一般情况下，MSD检测器装备的分子涡轮泵的抽真空的能力是有一定约束的，电离室内残余的氢气会与待分析物发作离子碰撞，发生一些不知道杂峰，且基线噪音水平增加，仪器的灵敏度降低。
而关于氦气而言，比较氢气而言，化学惰性，其黏度都是氢气的两倍，最佳线速度是氢气的二分之一，可确保电离室的高真空度。此外，氦气作为载气，色谱柱运用完毕之后，最好将两头封闭，或用其他载气置换氦气。
运用氮气作为载气，其耗费最少且来源稳定，其分析功率比较低的缺陷，可通过运用窄内径的色谱柱以及防止运用比较长的色谱柱来补偿。
特别要注意的是，无论选择哪种气体作为载气，都要确保气体的纯度在99.999%以上，特别是关于FID这种碳灵敏型检测器，极少量的杂质都会影响到基线噪音，乃至出现一些鬼峰。